Čeprav je na pročelju enoladijske baročne cerkve vzidana plošča z letnico 1594, naj bi bila cerkev v osnovi starejša. Po nekaterih virih naj bi to bila letnica njene zadnje posvetitve.

Strop je poslikan, platna s prizori življenja sv. Nikolaja so iz prve polovice 17. stoletja. V cerkvi je tudi kopija Carpacciovega dela – Marija z otrokom na prestolu, ki krasi stolno cerkev.

Cerkev naj bi dala zgraditi bratovščina mornarjev.

Sv. Nikolaj je namreč zavetnik mornarjev in ribičev, tudi zato so cerkev obiskovali večinoma mornarji in njihove družine. Ti naj bi ob preživetju nesreč na morju v cerkev prinašali tudi različne darove.

Kot drugje so tudi v Kopru cerkev, posvečeno temu svetniku, zgradili blizu morja, da so se lahko mornarji in ribiči pred odhodom na morje svetniku poklonili in se mu priporočili za varovanje.

Verjetno zaradi cerkve in njene lokacije so Kidričevo ulico domačini imenovali tudi »zo-pel-porto« (dol do pristanišča), med leti 1095 in 1919 pa »Calletta chiusa S. Niccolò« (majhna ulica sv. Nikolaja).

(Od leta 1956 je ulica poimenovana po Borisu Kidriču, slovenskemu komunistu, partizanu, politiku in narodnemu heroju.)