Morje z morskim obrežjem je prepoznano kot ekološko pomembno območje in je dom kar 1.800 različnim rastlinskim in živalskim vrstam. Tudi morska želva kareta in velika pliskavka (delfin) stalno naseljujeta naše morje.
V zalivu je tudi posebno ekološko pomembno območje: rastišče Pozejdonke.
Med Koprom in Izolo je tudi drevored pinij (lokalna naravna vrednota), ob Žusterni pa boste opazili še eno posebnost, ki je ocenjena kot naravna vrednota, in sicer flišni klif.
