Naldini, évêque de Koper, a été enterré dans la salle médiévale baroquisée de l’église.
À l’origine, le monastère des Augustines, qui étaient présentes à Koper dès le Moyen Âge, appartenait à l’église. L’église est parvenue à son aspect actuel au tournant du XVIIIe siècle.
Après la Seconde Guerre mondiale, l’église a été nationalisée et transformée en entrepôt. Après avoir été rendu au diocèse de Koper, l’édifice a été restauré. Aujourd’hui lieu de culte, l’église est également ouverte aux visites.