Une légende intéressante sur la création de la ville raconte que l’île où Koper se trouve aujourd’hui aurait été créée lors d’une dispute entre le dieu Poséidon et la déesse Athéna. Lors de sa dispute avec Poséidon, le dieu grec de la mer, Athéna, la déesse grecque de la sagesse, s’est réfugiée dans ces lieux ; une bataille entre les deux divinités s’est ensuivie. Selon la légende, le bouclier d’Athéna (nommé aegida, d’où l’ancien nom de l’île) est tombé dans l’eau lors de la bataille et s’est transformé en une île. Si vous regardez la forme de l’ancienne île (lieu où se trouve aujourd’hui la ville), vous verrez qu’elle ressemble vraiment à un bouclier.
Dans cette zone, différentes autorités se sont succédées durant des siècles. Elles ont donné différents noms à la ville et ont laissé leurs empreintes sur son histoire.
Les Romains l’appelaient « Capris » ; sous le pape Grégoire I, la ville s’appelait « Insula Capraria » (l’île de la chèvre) ; pour les Byzantins, il s’agissait de Justinopolis, tandis que les Patriarches d’Aquilée la dénommaient « Caput Histriae ». Les Vénitiens, quant à eux, ont finalement nommé la ville « Capo d’Istria », forme italienne de son nom actuel. C’était également les Vénitiens qui avaient régné sur la ville pendant le plus longtemps : la période de leur règne avait été marquée par la prospérité économique et culturelle de la ville, qui se reflète aujourd’hui dans la richesse de son architecture.
La période historique des Habsbourg, celle de Napoléon et celle allant jusqu’à la Première Guerre mondiale ont été également extrêmement importantes pour la ville de Koper.
De par le rétrécissement du marais salant, Koper a perdu sa forme d’île. La période d’établissement d’une liaison routière avec le continent, ainsi que d’une liaison maritime et ferroviaire avec Trieste et Poreč, marque également une ère importante pour l’histoire de Koper. La période après la Seconde Guerre mondiale a été une période de changements politiques majeurs. De la libération à septembre 1947 (entrée en vigueur du traité de paix conclu avec l’Italie), ou encore à octobre 1954 (mémorandum de Londres), Koper a été le centre de la Zone B du Territoire libre de Trieste.
En 1954, après son annexion à la Slovénie (et, par extension, à la Yougoslavie), Koper est devenu le centre de la région et de la municipalité, ce qui a conduit à sa progression économique et sociale. Après le traité d’Osimo (1975) et l’établissement définitif de la frontière entre l’Italie et la Yougoslavie, Koper est resté en Slovénie. En 1991, la Slovénie a déclaré son indépendance ; en 2004, elle est devenue membre de l’Union Européenne.
