O vzniku města vypráví zajímavá legenda. Ostrov, na kterém se dnes rozprostírá, vznikl v hádce mezi Poseidonem a Athénou. Athéna, řecká bohyně moudrosti, se pohádala s Poseidonem, řeckým bohem moře, a utekla do našich krajů. Následoval boj těchto dvou božstev, Athénin štít upadl (aegida – odtud by měl pocházet název ostrova) do vody a proměnil se na ostrov. Pokud se podíváte na tvar někdejšího ostrova (města), všimnete si, že opravdu připomíná štít.
V této oblasti se během staletí vystřídaly vlády, které se na městě charakteristicky podepsaly a daly městu různé názvy.
Římané město nazývali Capris, v dobách papeže Řehoře I. se jmenovalo Insula Capraria (Kozí ostrov), v Byzanstké říši Justinopolis, aquilejští patriarchové ho označovali jako Caput Histriae. Teprve Benátčané mu dali italskou variantu dnešního názvu Capo d`Istria. Právě oni, na jejichž působení nás odkazuje bohatá architektura města, protože město vzkvétalo hospodářsky i kulturně, zde vládli nejdéle.
Významným obdobím byla také doba Habsburků, Napoleona a 1. světové války.
Koper ztratil podobu ostrova v souvislosti na zmenšování solných pánví. Důležité bylo období, kdy šlo k dopravnímu spojení s pevninou či spojení s Terstem a Porečí po moři a železnici. Po 2. světové válce se udály velké politické změny. Od osvobození v září 1947, po mírové smlouvě s Itálií a Londýnském memorandu z října 1954 byl Koper centrem B STO zóny (Svobodno tržaško ozemlje).
S připojením ke Slovinsku (Jugoslávii) roku 1954 se město stalo regionálním a později okresním střediskem, takže se opět hospodářsky a kulturně rozvíjelo. Na základě Osimské smlouvy z roku 1975 se konečně upravila hranice mezi Itálií a tehdejší Jugoslávií, Koper zůstal ve Slovinsku. Roku 1991 došlo k osamostatnění Slovinska, roku 2004 k připojení k Evropské unii.
