Érdekes a legenda a város keletkezéséről, amely azt mondja hogy a sziget, ahol Koper ma található, a Poseidon isten és az Athena istennő közötti heves viszályban jött létre. Állítólag Athena (a görög bölcsesség istennője) összeveszett Poseidonnal (a tenger görög istenével), és elmenekült ezekre a helyekre, e két istenség összecsapása következett. Athena istennő pajzsa (aegida – innen ered a sziget korábbi neve) állítólag a csata során a vízbe esett és szigetté alakult. És ha megfigyelik az egykori sziget (város) alakját, megállapíthatják, hogy valóban egy pajzshoz hasonlít.

A térségben az évszázadok során különböző hatóságok váltakoztak, különféle neveket adva a városnak, és fontos jelöléseket hagyva a városon.

A rómaiak Capris-nak nevezték, I. Gergely pápa idején Insula Capraria (Kecske-sziget) volt, a bizánciak számára Justinopolis, és az aquileiai pátriárkák idejében pedig Capit Histriae volt az elnevezése. A mai Capo d`Istria név olasz változatát még csak a velenceiek idejében kapta. A velenceiek voltak a leghosszabb ideig e térségben az uralkodók, és ez volt a gazdasági és kulturális fellendülés ideje, amire a város gazdag építészete ma is emlékeztet bennünket.

Koper számára szintén fontos volt az I. világháborúig tartó történelmi időszak, valamint Napóleon és a Habsburgok ideje.

A sólepárlók zsugorodásával Koper elveszítette sziget alakját. Koper fejlődéséhez fontosan hozzájárult a szárazfölddel való közúti összeköttetés ütemezése, valamint a tengeri és a vasúti összeköttetés kiépítése Triesztbe és Porečbe. A második világháború utáni időszakot jelentős politikai változások jellemezték. A felszabadulástól 1947 szeptemberéig, amikor az olaszországi békeszerződés hatályba lépett, és 1954 októberében a londoni memorandumon túl, Koper volt a B STO (Trieszt szabad terület) övezetének a központja.

Miután 1954-ben csatlakozott Szlovéniához (és így Jugoszláviához), Koper regionális kerületté és később önkormányzati központtá vált, és így ismét gazdasági és társadalmi fellendülést ért el. Az 1975-ös Osimo-szerződéssel végül lerendeződött az olasz és az akkori Jugoszlávia közötti határ, így Koper továbbra is Szlovénia része maradt. 1991-ben Szlovénia megszerezte függetlenségét, 2004-ben pedig az Európai Unió részévé vált.