Szlovénia egyik legrégebbi városa. Gazdag történelme a középső bronzkorba nyúlik vissza. Koper, amely egykor sziget volt, először az ókori Róma alatt népesedett be. Számos kormány és ország fennhatósága alá került, következésképpen különböző neveket kapott.

A szigeten, amelyen a város jelenleg áll, a település eredeti neve Aegida volt, a római időkben Capris, később Insula Capraria (Kecske-sziget), a bizánciak Justinopolis-nak nevezték el, az aquileia pátriárka pedig a Caput Histriae (Isztria feje) névre keresztelte.

A velenceiek, akik a legmélyebb nyomot hagyták a környék történelmében, Capo d’Istria (Isztria feje) néven ismerték. A Capodistria változatból lett a mai szlovén Koper név. (Koper ugyanis kétnyelvű hely.)

A város legnagyobb gazdasági és kulturális virágzását a Velencei Köztársaság időszakában (13–18. század) élte. Erről tanúskodnak a máig fennmaradt műemlék épületek. A sziget formát a sólepárlás háttérbe szorulásával (és 1912-ben történő megszüntetésével) vesztette el.

A Velencei Köztársaság bukása után osztrák uralom következett, ideiglenesen Napóleon is idekeveredett, majd jöttek a két világháború alatti és utáni változások, Koper Jugoszlávia része lett, és 1991 óta a Szlovén Köztársaság független államához tartozik.