Die Stadt Koper gilt als eine der ältesten Städte in Slowenien, deren bunte Geschichte bis in die mittlere Bronzezeit reicht. Koper, war einst eine Insel, die zunächst in der antiken Römerzeit besiedelt wurde. Mehrere Regierungen und Staaten waren Herrscher über Koper und infolgedessen erhielt Koper auch unterschiedliche Namen.
Der ursprüngliche Name der Inselbesiedlung, an der heute die Stadt steht, war Aegida, in der Römerzeit Capris, später Insula Capraria (Ziegeninsel), die Byzantiner nannten sie Justinopolis und die Patriarche von Aquileia nannten sie Caput Histriae (Hauptstadt von Istrien).
Die Venezianer, die an diesem Gebiet den sichtbarsten Stempel hinterließen, gaben ihr den Namen Capo d‘Istria (Hauptstadt von Istrien). Die Benennung Capodistria ist neben der slowenischen Variante – Koper immer noch im Gebrauch. (Koper ist nämlich ein zweisprachiges Gebiet).
Die Stadt erlebte die größte ökonomische und kulturelle Blütezeit in der Zeit der Republik Venedig (13. bis 18. Jahrhundert), worüber die noch heute erhaltene Architektur zeugt, jedoch verschwand die Inselgestalt durch die Schrumpfung der Salinen (die gänzlich im Jahr 1912 abgeschafft wurden) langsam.
Nach dem Fall der Republik Venedig folgte im Gebiet von Koper die Übermacht der Österreicher, mit einer kürzeren vorübergehenden Herrschaft von Napoleon, danach kam es zu den Veränderungen in der Zeit zwischen den beiden Großen Kriegen und auch danach; Koper war Teil von Jugoslawien und ist seit 1991 Teil des selbständigen Staates Republik Slowenien.
