Historie Kopru, jednoho z nejstarších měst Slovinska, sahá až do střední doby bronzové.
Původně to byl ostrov, nejprve osídlen v období antického Říma. Na jeho území se vystřídalo několik vládních celků a republik a na základě toho nesl také různé názvy. První název osady na ostrově, na kterém v současnosti město leží, byl Aegida. Římané město pojmenovali Capris, později Insula Capraria (Kozí ostrov), Byzantští Justinopolis, patriarchové Aquileie Caput Histriae (hlava Istrie).
Největší stopu v oblasti za sebou zanechali Benátčené, kteří město nazývali Capo d’Istria (hlava Istriie). Název Capodistria je vedle slovinské varianty – Koper zachován dodnes. (Koper je totiž dvoujazyčné území).
Největší hospodářský a kulturní rozkvět město zažilo v období Benátské republiky v 13. až 18. století. O tomto období svědčí dodnes zachovaná městská architektura, zatímco podobu ostrova začalo město ztrácet během zmenšování salin, které definitivně ukončily činnost roku 1912.
Po pádu Benátské republiky následovala na území Kopru nadvláda Rakušanů, s kratší vládou Napoleona, potom došlo ke změnám v období obou světových válek. Koper se stal součástí Jugoslávie, od roku 1991 pak samostatné Republiky Slovinsko.
