Grad Kopar smatra se jednim od najstarijih gradova u Sloveniji, gdje se bogata povijest počela ispisivati već u srednjem brončanom dobu.
Kopar, koji je nekada bio otok, prvi je put naseljen u vrijeme antičkog Rima, a zatim se na tom području smjenjivalo nekoliko vladavina i država te posljedično i različitih naziva. Prvotni naziv naselja na otoku na kojem se danas nalazi grad bilo je Aegida, u vrijeme Rimljana Capris, a kasnije Insula Capraria (Kozji otok). Bizantinci su ga nazvali Justinopolis, a akvilejski patrijarsi Caput Histriae (Glava Istre).
Mlečani, koji su na ovom području ostavili najveći pečat, dali su mu naziv Capo d’Istria (Glava Istre). Naziv Capodistria se uz slovensku verziju – Koper očuvao do danas. (Kopar je, naime, dvojezično područje).
Grad je najveći gospodarski i kulturni procvat doživio u vrijeme Mletačke republike (13. – 18. stoljeće), o tom razdoblju svjedoči gradska arhitektura koja je očuvana do danas, a izgled otoka počeo je gubiti tijekom smanjivanja solana (konačno su ukinute 1912. godine).
Nakon pada Mletačke republike na području Kopra uslijedila je dominacija Austrijanaca uz kraću međuvladavinu Napoleona, a zatim je došlo do promjena. Tijekom i nakon oba svjetska rata, Kopar je bio dio Jugoslavije, a od 1991. godine dio je samostalne države Republike Slovenije.
