Zanimljiva je legenda o nastanku grada koja kaže da je navodno otok na kojem je danas Kopar nastao u sporu između boga Posejdona i božice Atene. Atena (grčka božica mudrosti) navodno se posvađala s Posejdonom (grčkim bogom mora) i pobjegla u ove krajeve, a uslijedila je borba tih dviju božanstava. Atenin štit (aegida – otud navodno potječe nekadašnje ime otoka) tijekom bitke pao je u vodu i pretvorio se u otok. Ako pogledate oblik nekadašnjeg otoka (grada), vidjet ćete da zaista podsjeća na štit.
Na tom području kroz stoljeća su se mijenjale različite vlasti koje su gradu davale različita imena i ostavljale važan pečat.
Rimljani su ga nazvali Capris, u vrijeme pape Grgura I bio je Insula Capraria (Kozji otok), za Bizantince Justinopolis, a za patrijarhe iz Akvileje Caput Histriae. Tek su mu Mlečani dali talijansku verziju današnjeg imena Capo d`Istria. Upravo Mlečani su tu vladali najdulje i to je bilo razdoblje gospodarskog i kulturnog procvata na koji nas još i danas podsjeća bogata gradska arhitektura.
Za Kopar su bila važna i razdoblja do Prvog svjetskog rata, te vremena Napoleona i Habsburgovaca.
Krčenjem zemljišta za solane Kopar je izgubio izgled otoka. Važno je vrijeme cestovnog povezivanja s kopnom te morskog i željezničkog povezivanja s Trstom i Porečom. Doba nakon Drugog svjetskog rata obilježile su velike političke promjene. Od oslobođenja do rujna 1947. godine, kada je stupio na snagu mirovni ugovor s Italijom, i dalje, do Londonskog memoranduma u listopadu 1954., Kopar je bio središte zone B Slobodnog teritorija Trsta.
Priključivanjem Sloveniji (a time i Jugoslaviji) godine 1954. Kopar je postao okružno, a kasnije općinsko središte, i time je gospodarski i društveno ponovno napredovao. Osimskim sporazumom iz 1975. godine konačno je uređena granica između Italije i tadašnje Jugoslavije i Kopar je ostao dio Slovenije. Godine 1991. Slovenija je postala samostalna, a godine 2004. postala je dio Europske unije.
