Zanimiva je legenda o nastanku mesta, ki pravi, da naj bi otok, kjer je danes Koper, nastal v prepiru med bogom Pozejdonom in boginjo Ateno. Atena (grška boginja modrosti) naj bi se s Pozejdonom (grškim bogom morja) sprla in pobegnila v te kraje, sledil je spopad teh dveh božanstev. Atenin ščit (aegida – od tod naj bi izviralo nekdanje ime otoka) naj bi med bitko padel v vodo in se spremenil v otok. In če pogledate obliko nekdanjega otoka (mesta), boste ugotovili, da res spominja na ščit.

Na tem območju so se skozi stoletja menjavale različne oblasti, ki so mestu dale različna poimenovanja in mu puščale pomemben pečat.

Rimljani so ga poimenovali Capris, v času papeža Gregorja I. je bil Insula Capraria (Kozji otok), za Bizantince Justinopolis, za oglejske patriarhe Caput Histriae. Šele Benečani so mu nadeli italijansko različico današnjega imena Capo d`Istria. Prav Benečani so tu vladali najdlje in to je bil čas gospodarskega in kulturnega razcveta, na katerega nas še danes spominja bogata arhitektura mesta.

Za Koper je bil pomemben tudi zgodovinski čas do 1. svetovne vojne, čas Napoleona in Habsburžanov.

S krčenjem solin je Koper izgubil podobo otoka. Pomemben je čas cestne povezave s kopnim ter morske in železniške povezave s Trstom in Porečem. Obdobje po 2. svetovni vojni so zaznamovale velike politične spremembe. Od osvoboditve do septembra 1947, ko je stopila v veljavo mirovna pogodba z Italijo, in dalje Londonskega memoranduma oktobra 1954, je bil Koper središče cone B STO (Svobodnega tržaškega ozemlja).

S priključitvijo k Sloveniji (in s tem Jugoslaviji) leta 1954, je Koper postal regijsko-okrajno, kasneje pa občinsko središče, tako je gospodarsko in družbeno ponovno napredoval. Z Osimskim sporazumom iz leta 1975 pa se je dokončno uredilo mejo med Italijo ter tedanjo Jugoslavijo in Koper je ostal del Slovenije. Leta 1991 se je Slovenija osamosvojila, leta 2004 pa je postala del Evropske unije.