Mesto Koper velja za enega najstarejših mest v Sloveniji, kjer se je bogata zgodovina začela pisati že v srednji bronasti dobi.

Koper, ki je bil včasih otok, je bil prvič poseljen v času antičnega Rima, nato pa se je na tem območju izmenjevalo kar nekaj vladavin in držav ter posledično različnih poimenovanj. Prvotno ime naselja na otoku, na katerem danes leži mesto, je bilo Aegida, v času Rimljanov Capris, kasneje Insula Capraria (Kozji otok), Bizantinci so ga poimenovali Justinopolis, oglejski patriarhi pa Caput Histriae (glava Istre).

Benečani, ki so na tem območju pustili največji pečat, so mu dali ime Capo d’Istria (glava Istre). Poimenovanje Capodistria se ob slovenski različici – Koper ohranja še danes. (Koper je namreč dvojezično območje).

Mesto je največji gospodarski in kulturni razcvet doživelo v času Beneške republike (13. – 18. stoletje), o tem obdobju priča še danes ohranjena mestna arhitektura, medtem ko je podobo otoka začelo izgubljati ob krčenju solin (te so bile dokončno ukinjene leta 1912).

Po padcu Beneške republike je na območju Kopra sledila nadvlada Avstrijcev, s krajšo vmesno vladavino Napoleona, nato je prišlo do sprememb v času med in po obeh velikih vojnah, Koper je bil del Jugoslavije, od leta 1991 pa je del samostojne države Republike Slovenije.