La ville de Koper est considérée comme l’une des plus anciennes villes de Slovénie, dont la riche histoire se développa dès l’âge du bronze moyen.
Koper, qui était autrefois une île, était déjà habitée à l’époque de la Rome antique, puis plusieurs gouvernements et pays, et par conséquent différents noms, se sont succédés dans la région. Le nom d’origine du village de l’île, sur laquelle se trouve aujourd’hui la ville, était Aegida, à l’époque des Romains Capris, plus tard Insula Capraria (l’île des chèvres), les Byzantins la nommèrent Justinopolis, et les patriarches d’Aquilée Caput Histriae (pointe de l’Istrie).
Les Vénitiens, qui laissèrent la plus grande marque dans la région, lui donnèrent le nom Capo d’Istria (tête de l’Istrie). Le nom de Capodistria est encore à ce jour conservé à côté de la version slovène de Koper. (Koper est une région bilingue).
La ville connut son plus grand essor économique et culturel à l’époque de la République de Venise (XIIIe-XVIIIe siècles), dont témoigne encore aujourd’hui l’architecture urbaine préservée, tandis que l’île commençait à se réduire avec le rétrécissement des salines (qui furent définitivement fermées en 1912).
Après la chute de la République de Venise dans la région de Koper suivit la domination des Autrichiens avec un bref règne intermédiaire de Napoléon, puis des changements se produisirent pendant et après les deux grandes guerres, Koper faisant partie de la Yougoslavie et, depuis 1991, de l’État indépendant de la République de Slovénie.
