Un’interessante leggenda sulla nascita della città narra che l’isola, area sulla quale si trova oggi Capodistria, si formò durante una lite tra Poseidone (dio greco del mare) ed Atena (dea greca della saggezza). I due si scontrarono e nella battaglia lo scudo di Atena (aegida – da qui l’antico nome dell’isola) cadde in acqua, trasformandosi in un’isola. Basta dare un’occhiata alla forma dell’antica isola (l’odierno centro storico) per notare che ha davvero la forma di uno scudo.

Nel corso dei secoli Capodistria passò sotto il dominio di diversi governanti che lasciarono la propria impronta, cambiando diverse volte anche il nome della città.

Al tempo degli antichi Romani la città fu denominata Capris, sotto papa Gregorio I il nome mutò in Insula Capraria (Isola delle capre), i Bizantini scelsero Justinopolis, mentre i patriarchi di Aquileia optarono per Caput Histriae. Furono i Veneziani a battezzarla con il nome italiano di Capo d’Istria e proprio sotto il loro dominio la città conobbe una formidabile crescita economica e culturale che ancora oggi si rispecchia nella ricca architettura.

Altrettanto importanti furono il periodo fino alla prima guerra mondiale, il governo di Napoleone e quello degli Asburgo.

Con la bonifica delle saline, Capodistria perse la sua immagine di città sull’isola. Un altro periodo importante fu quello che seguì l’instaurazione dei collegamenti con la terraferma e di quelli marittimi e ferroviari con Trieste e Parenzo. Il secondo dopoguerra portò cambiamenti importanti: dalla liberazione al settembre 1947, quando entro` in vigore il trattato di pace con l’Italia e ancora più tardi con la firma del Memorandum di Londra nel 1954, Capodistria fu il centro della Zona B del TLT (Territorio Libero di Trieste).

Con l’annessione alla Slovenia (e quindi alla Jugoslavia) nel 1954, Capodistria divenne un centro amministrativo regionale e poi comune, progredendo economicamente come pure dal punto di vista sociale. Il Trattato di Osimo del 1975 confermò il confine tra l’Italia e la Jugoslavia e con ciò Capodistria rimase parte della Slovenia. Nel 1991 la Slovenia proclamò la propria indipendenza e nel 2004 entrò a far parte dell’Unione europea.