Interessant ist die Legende über die Entstehung der Stadt, die besagt, dass die Insel, auf der sich heute Koper befindet, in einem Streit zwischen dem Gott Poseidon und der Göttin Athene entstanden ist. Athene (die griechische Göttin der Weisheit) soll sich mit Poseidon (dem griechischen Gott des Meeres) gestritten haben und in diesen Ort geflohen sein. Es folgte eine Auseinandersetzung der beiden Gottheiten. Athenes Schild (Ägida – daraus soll sich der ursprüngliche Name der Insel ableiten) soll während der Schlacht ins Wasser gefallen sein und sich in eine Insel verwandelt haben. Und wenn Sie sich die Form der ehemaligen Insel (Stadt) ansehen, werden Sie feststellen, dass sie wirklich einem Schild ähnelt.

In dieser Region haben im Laufe der Jahrhunderte verschiedene Obrigkeiten geherrscht, die der Stadt unterschiedliche Namen gaben und sie geprägt haben.

Die Stadt wurde von den Römern Capris, während der Zeit von Papst Gregor I. Insula capraria (Ziegeninsel) genannt. Zur Zeit der Byzantiner erhielt sie den Namen Justinopolis, die Patriarchen von Aquileia änderten den Namen in Caput Histriae. Erst von den Venezianern erhielt sie die italienische Version des heutigen Namens Capo d’Istria (Capodistria). Es waren die Venezianer, die hier am längsten regierten, und es war eine Zeit des wirtschaftlichen und kulturellen Aufschwungs, an den uns die reiche Architektur der Stadt bis heute erinnert.

Wichtig für Koper war auch die Zeit bis zum Ersten Weltkrieg, die Zeit Napoleons und der Habsburger.

Mit dem Schrumpfen der Salinen verlor Koper das Aussehen einer Insel. Bedeutend ist die Zeit als die Straßenverbindungen zum Festland sowie der See- und Eisenbahnverbindungen nach Triest und Poreč entstanden. Die Nachkriegszeit war von großen politischen Veränderungen geprägt. Von der Befreiung bis September 1947, als der Friedensvertrag mit Italien in Kraft trat, und nach dem Londoner Memorandum vom Oktober 1954, war Koper Zentrum der Zone B des FTO (Freies Territorium Triest).

Mit dem Beitritt zu Slowenien (und damit Jugoslawien) im Jahr 1954 wurde Koper ein Region-Bezirks- und später ein Gemeindezentrum. Damit machte es wieder wirtschaftliche und soziale Fortschritte. Mit dem Vertrag von Osimo aus dem Jahr 1975 wurde die Grenze zwischen Italien und Jugoslawien geregelt und Koper blieb Teil Sloweniens. Im Jahr 1991 erlangte Slowenien die Unabhängigkeit und wurde 2004 Mitglied der Europäischen Union.