Интересна легенда о появлении города, которая гласит, что остров, на котором сегодня находится Копер, возник в результате вражды между богом Посейдоном и богиней Афиной. Афина (греческая богиня мудрости) предположительно поссорилась с Посейдоном (греческим богом моря) и сбежала в эти места, после чего произошло столкновение этих двух божеств. Говорят, что щит Афины (аэгида – отсюда якобы происходит прежнее название острова) упал в воду во время битвы и превратился в остров. И если вы посмотрите на форму бывшего острова (города), то обнаружите, что он действительно напоминает щит.

В этом районе на протяжении веков менялись различные органы власти, которые давали городу различные названия и оставляли в нем важный след.

Римляне назвали его Каприсом (Capris), во времена папы римского Григория I он был Инсула Капрария (Козий остров), для византийцев Юстинополис, а Аквилейский Патриархат именовал его Капут Истриа («Голова Истрии»). Только венецианцы дали ему итальянскую версию сегодняшнего названия Каподистрия (Capo d`Istria). Именно венецианцы правили здесь в течение самого долгого времени, и это было время экономического и культурного расцвета, о котором нам и сегодня напоминает богатая архитектура города.

Также важным для Копра был исторический период до Первой мировой войны, время Наполеона и Габсбургов.

С уменьшением соляных бассейнов Копер потерял свой образ острова. Важное значение имеет время дорожного сообщения с материком, а также морского и железнодорожного сообщения с Триестом и Поречем. Период после Второй мировой войны был отмечен крупными политическими изменениями. С момента освобождения до сентября 1947 года, когда вступил в силу мирный договор с Италией, и после Лондонского меморандума в октябре 1954 года, Копер был центром зоны СТТ (Свободной территории Триеста).

После присоединения к Словении (и, следовательно, Югославии) в 1954 году Копер стал региональным округом, а затем и муниципальным центром, таким образом, прогрессируя в экономическом и социальном плане. С Осимским соглашением 1975 года граница между Италией и Югославией была окончательно установлена, и Копер остался частью Словении. В 1991 году Словения получила независимость, а в 2004 году стала частью Европейского Союза.