Город Копер считается одним из старейших городов в Словении. Богатая история города начала свой отсчет с середины бронзового века.

Копер, который когда-то был островом, был сначала заселен во времена античного Рима, а затем в этой области сменилось довольно много правительств и государств, а, следовательно, и много названий. Первоначальное название поселения на острове, на котором сейчас стоит город, было Аегида (Aegida), во времена римлян Каприс (Capris), позже Инсула Капрария (Insula Capraria – Козий остров), византийцы называли его Юстинополис, а для патриархов из Аквилеи он был Капут Хистрае (глава Истрии).

Венецианцы, которые оставили на этой территории самый большой след, дали ему название Капо д’Истрия (Capo d’Istria — глава Истрии). Название Каподистрия (Capodistria) сохранилось и сегодня в словенском варианте – Копер (Koper). (Копер — двуязычная территория).

Город пережил наибольший экономический и культурный расцвет во времена Венецианской республики (13-18 вв.); об этом периоде свидетельствует сохранившаяся до сегодняшних дней городская архитектура, в то время как упоминание об острове начало исчезать с сокращением солевых бассейнов — «солин» (которые были окончательно закрыты в 1912 г.).

После падения Венецианской республики на территории Копра установилось господство австрийцев, с кратким временным правлением Наполеона, затем произошли изменения — во время и после двух великих войн Копер был частью Югославии, а с 1991 года частью независимого государства Республики Словения.