Il palazzo, costruito nel XIX secolo, fu eretto al posto di un altro, ancor più grande edificio, il vecchio palazzo vescovile del 1522, di cui sono oggi rimasti solamente il portale d’entrata in stile rinascimentale e la vera da pozzo in stile gotico nel suo giardino.
La facciata del palazzo è decorata da simboli araldici del vescovo Paolo Naldini e Bonifacio Da Ponte.
Oggi il palazzo è sede del vescovado di Capodistria.
