La chiesa odierna risale all’XI secolo e da allora fu ristrutturata più volte. La parte inferiore è in stile gotico, mentre la parte superiore è in stile rinascimentale. Nella prima metà del XVIII secolo la cattedrale fu allargata e oggi è una delle chiese più grandi in Slovenia. Misura 70 metri in lunghezza e 25 metri in larghezza.
Nel suo interno potete ammirare le opere di Vittore Carpaccio e il sarcofago in marmo di San Nazario (patrono di Capodistria e vescovo della città nel VI secolo), donato alla città dalla Repubblica di Venezia nel 1350.
Una particolarità della cattedrale di Capodistria è il suo battistero, la Rotonda della Madonna del Carmine, una volta battistero di San Giovanni Battista, separato dalla chiesa. Si tratta di una rotonda di stile romanico a tripla arcata cieca al cui interno si trova la fonte battesimale. Il battistero fu ristrutturato nel 1317 e il suo interno venne ristrutturato in stile barocco dal 1747 al 1749.
Accanto alla cattedrale si erge il Campanile di 54 metri di altezza risalente al XII secolo, unito alla chiesa nel 1488.
La cattedrale ha anche un magnifico organo sinfonico a 4 mani, che è il più grande organo da chiesa in Slovenia. L’organo è stato realizzato nel 1988 nei laboratori d’organo tedeschi Kleuker e Steinmeyer secondo i piani del compositore, organista, pianista e pedagogo francese Jean Guillo (1930-2019).
