Benché sulla facciata della chiesa in stile barocco a navata unica sia murata una targa indicante l’anno 1594, la chiesa risalirebbe a origini ben più antiche. Secondo alcune testimonianze storiche, la data impressa sarebbe relativa alla sua ultima consacrazione.
Il soffitto è affrescato, mentre le tele raffiguranti la vita di San Nicolò, risalgono alla prima metà del XVII secolo. Nella chiesa si trova anche la copia dell’opera del Carpaccio – Madonna con il bambino sul trono, il cui originale decora la cattedrale.
La chiesa fu presumibilmente voluta dalla comunità dei marittimi.
San Nicolò è di fatto il protettore dei marinai e dei pescatori e pertanto la chiesa veniva frequentata soprattutto dai pescatori e dalle loro famiglie. Questi, dopo essere miracolosamente sopravvissuti agli eventi nefasti sul mare, portavano in chiesa diversi doni.
Come altrove, anche a Capodistria la chiesa dedicata a San Nicolò, fu edificata in prossimità del mare in modo da consentire ai marinai e ai pescatori di pregare il santo e invocare la sua benevole protezione prima di abbandonare la terraferma.
Forse proprio per la posizione della chiesa, la via Boris Kidrič veniva chiamata una volta anche »zo-pel-porto« (giù per il porto), e »Calletta chiusa S. Niccolò« (via piccola di S. Niccolò) negli anni tra il 1095 e il 1919.
(Dal 1956 la via fu intitolata a Boris Kidrič, comunista sloveno, partigiano, politico ed eroe nazionale.)
